Desde el 02 de febrero de 2005, Propecuária detiene el certificado en conformidad de la norma NP EN ISO 9001:2000 del Sistema de Calidad, con el objetivo de asegurar la garantía de Calidad acorde con los servicios prestados.

El Manual de Calidad elaborado contiene procedimientos de organización y de realización de las acciones inherentes a las diversas Funciones del Sistema de Calidad y representa, a la vez, los compromisos asumidos por Propecuária para con Clientes, en la que la Política de Calidad se planea, se conoce, se entiende y se pone en práctica.

La certificación tiene como finalidad mejorar la satisfacción de las expectativas de los clientes, a través de la eficacia del sistema de Gestión de Calidad implementado, siendo frecuente la realización de encuestas de calidad para comprobación de la satisfacción de los clientes.